3D skriva ut ett Protein: modellering en molekylär maskin (2 / 6 steg)
Steg 2: Installera PyMOL
PyMOL är en fri och öppen källkod-modellering och visualisering program för små molekyler och proteiner. PyMOL har en aktiv och växande gemenskap, liksom en betydande del av marknaden för vetenskaplig litteratur, vilket gör det till ett perfekt verktyg att använda för att skapa och anpassning av molekylär modeller. PyMOL kan du skapa och visualisera molekylära modeller, från den traditionella bollen och stick modell som framhäver atomer och obligationer, till rymden fylla modeller som betonar volym och ytor. Vi ska skriva ut en utrymme fyllning modell i detta instructable att ge en uppfattning om vad ett protein faktiskt skulle se ut.
PyMOL wikin har utmärkt dokumentation om hur du installerar PyMOL för alla moderna operativsystem. Den huvudsakliga PyMOL hemsida har redan sammanställt bygger för både Mac och Linux lätt tillgängliga. Lyckligtvis behöver du inte kompilera din egen Windows körbara från källkoden (även om du kan säkerligen om du vill) - andra har tack och lov redan gjort det och offentliggöras resultaten. Jag ska Visa illustrerade steg här för en Windows-installation, eftersom det var operativsystemet jag använde.
Installera PyMOL på Mac:
http://www.pymolwiki.org/index.php/MAC_Install
Installera PyMOL på Linux:
http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install
Installera PyMOL i Windows:
http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install
Kort, och illustrerade:
- Följ länken i steg 2 i guiden Windows installation på PyMOL Wiki.
- Ladda ner rätt version av PyMOL (eftersom the Python 2.7 jag installerat tidigare är 64 bit, kommer jag att installera 64-bitars PyMOL filen, pymol-1.6.0.0.win-amd64-py2.7. exe).
- När du har hämtat den PyMOL .exen, springa installerat. Använda alla standardinställningarna för installationen.
- För att köra PyMOL, navigera till C:\Python27\PyMOL i ditt filsystem och köra programmet PyMOL.exe. (Du kan också skapa en genväg på skrivbordet vid denna tid).
Nu dags att hitta vissa proteiner!