3D skriva ut din egen hjärna (2 / 5 steg)

Steg 2: Packa upp vävnad med hjälp av FreeSurfer

Hjärnans vävnad rekonstruktion från MRI bild är en vetenskap på egen hand. Vad verkar ganska lätt är faktiskt en computationally krävande uppgift. Det finns olika program av olika komplexitet gör jobbet. Fördelen med FreeSurfer är, att det går utan att ange några parametrar. Detta gör det lätt att använda för personer med ingen neurovetenskap bakgrund.

Peparation:

Detta steg är nödvändigt att tillåta lätt dra & släpp mellan värd och gäst-systemet

1. Öppna VirtualBox och börja FreeSurfer bilden
2. Klicka på enhet -> Infoga gäst tillägg CD bild
3. Dubbelklicka på "autorun.sh", in sudo lösenord "freesurfer"
4. Starta om den virtuella maskinen (övre högra hörnet "fsuser" -> Starta om)

Hjärnans exctraction

1. Dra din NIFTI (brainscan.nii.gz i mitt fall) till skrivbordet på den virtuella maskinen
2. Öppna terminalen
3. Typ recon-all - s mybrain-alla -i /home/fsuser/Desktop/brainscan.nii.gz och tryck enter, där brainscan.nii.gz är namnet på din NIFTI-fil. (se bild)
4. Vänta på att processen till slut. Efter avslutad kommer det att säga något i stil med "[.] mybrain färdiga utan fel [.] "

Detta kan ta upp till 2 dagar beroende på din datorhastighet. På min 4x3Ghz tog det 12 timmar. Du kan pausa och återuppta Virtualbox när som helst med hjälp av "Maskin -> paus". Detta sätt kan du återuppta processen efter att stänga av din värddator.-

• Om du vill påskynda denna process, kanske du vill överväga att ge den virtuella maskinen mer RAM-minne och användningen av flera processorer (kan du göra det i maskinens inställningar). Du måste starta om den virtuella maskinen efter att.
• Om Freesurfer processen blir inställd eller kraschar måste du använda ett annat ämnesnamn (mybrain2) eller ta bort mappen ämne att försöka igen.
• Vad som händer i bakgrunden: FreeSurfer kommer att prova olika saker att bestämma bästa hjärnan utvinning parametrar. Det kommer att gå igenom tusentals olika parametrar och se om resultaten är bra eller inte. Detta är nödvändigt eftersom varje hjärna är olika och kräver olika parametrar.

(Om du vill ha ytterligare information om FreeSurfer, Läs här)