Konstruktion, montering och kontroll av en 2D DNA Origami nanostrukturen (5 / 9 steg)

Steg 5: stökiometri

Medan vi väntade på våra beställningar att anlända från IDT och Tilibit, måste vi göra vissa stökiometri för att bestämma de exakta mängderna kemikalier och DNA att använda i våra experiment.

Med tanke på reaktanterna:

Från Tilibit:

• 500 μl 100 nM byggnadsställning
• 500 μl 10 X fällbara buffert
• 500 μl 200 mM MgCl2

Från IDT

• 111 x 25 nmol häftklammer i 2 x 96 väl tallrikar

Anta en slutlig reaktion av

• 1 X buffert
• 12 mM MgCl
• 20 nM byggnadsställning
• 200 nM varje häftklammer

Antar att 1 uL av varje återsuspenderade stapelvara kommer att läggas till i en lösning med en final på 200 uL.

Beräkna volymen av MgCl2 behövs för att producera en 12 mM koncentration i en 200 uL lösning ges 500uL av en 200 mM lösning.

M1V1 = M2V2 < br >(12 mM) (200 uL) = (200 mM)(V2)
(12naE-3 M) (200e-6 L) = (200e-3 M)(V2)
Således
V2 = (12naE-3 M) (200e-6 L) / (200e-3 M) = 1.2e-5 L = 12 uL

Beräkna volymen av byggnadsställning behövs för att producera en 20 nM koncentration i en 200 uL lösning ges 500 uL av en 100 uM lösning.

M1V1 = M2V2 < br >(20 nM) (200 uL) = (100 nM)(V2)
(20e-9 M) (200e-6 L) = (100e-9 M)(V2)
Således
V2 = (20e-9 M) (200e-6 L) / (100e-9 M) = 4e-5 L = 40 uL

Beräkna volymen av en buffert för att producera en 1 x koncentration i en 200 uL lösning ges 500 uL av en 10 X buffertlösning.

Kom ihåg att 1 X buffert består av

• 5 mM Tris
• 1 mM EDTA
• 5 mM NaCl

och således 10 X bufferten består av

• 50 mM Tris
• 1 mM EDTA
• 5 mM NaCl

Detta hjälper oss beräkna volymen. Så ta någon av komponenterna i buffert och beräkna volymen av Tris behövs för att producera en 5 mM koncentration i en 200 uL lösning ges 500uL av en 50 mM lösning.

M1V1 = V1V2 < br >(5 mM) (200 uL) = (50 mM)(V2)
(50e-3 M) (200e-6 L) = (50e-3 M)(V2)
Således
V2 = (50e-3 M) (200e-6 L) / (50e-3 M) = 2e-5 = 20 uL

Eller vi kan bara inse att 10 X till 1 X är en utspädning av 1/10!

Nu beräkna de slutliga reaktion komponenter ges en sista volymen av 200 uL:

< p > 1 X buffert = 20 uL < br > 12 mM MgCl = 12 uL
20 nM byggnadsställning = 40 uL
200 nM varje stapelvara = 1 uL varje häftklammer
Således
20 + 12 + 40 + (111 * 1) = 183 uL
Således
Vi behöver 200-183 = 17 uL vatten < /p >

Nu beräkna krampa resuspension volymen och koncentration med tanke på 1 uL distribution volym och 25 nmol massa varje stapelvara.

< br > 25 nmoles / X L vatten = Y koncentration
M1V1 = M2V2
(200 nM) (200 uL) = (1 uL)(M2)
(200e-9 M) (200e-6 L) = (1e-6 L)(M2)
Således
M2 = (200e-9 M) (200e-6 L) / (1e-6 L) = 4e-5 M = 40 uM
Således
M2 = Y koncentration = 40 uM
Således
X-vatten = 25 nmol / 40 uM = 25e-9 mol / 40e-6 M = 6.25e-3 = 625 uL vatten