Konstruktion, montering och kontroll av en 2D DNA Origami nanostrukturen (2 / 9 steg)
Steg 2: Molekylär modellering och visualisering
Efter design i cadnano ville vi visualisera vår design. Vi stött på problem när du försöker konvertera den cadnano framställningen av nanostrukturen i en atom representation för visualisering i VMD standardprogram. Till följd av denna kamp, vi byggde en liten modul för att översätta cadnano .json filer till .mmcif format, och sedan används som för att utöka Autodesk Molekylär Viewer för att acceptera cadnano filöverföringar. Dessa mmcif filer är ny branschstandard för atom representation och kan användas för visualisering av stor skala modeller som inte kunde hanteras av de gamla PDB-modellerna. "A" design konverterades till en .mmcif-fil genom att helt enkelt ladda upp filen cadnano .json in molekylär betraktaren via uppladdning-portalen. Med viewer var till hjälp vid fastställandet av där varje krampa monter var belägen i förhållande till den större modellen själv.