Konstruktion, montering och kontroll av en 2D DNA Origami nanostrukturen (8 / 9 steg)
Steg 8: Atomic Force mikroskopi
När vi hade kontrollerat förekomsten av nanostrukturer genom gelelektrofores, var vi mycket glada att vår process fungerade, men vi ville se våra resultat. Och så använde vi en atomic force mikroskopet.
Atomic-force mikroskopi (AFM) eller scanning-force mikroskopi (SFM) är en mycket högupplöst typ av skanning sonden mikroskopi (SPM), med påvisade upplösning på order av bråkdelar av en nanometer, mer än 1000 gånger bättre än den optiska diffraktionsgränsen.
Substrat förberedelse
Vi behövde först förbereda bilden för AFM som är gjord av slät, polerad glimmer. Först, med det magiska verktyget, tejp, vi rengörs ytan av glimmer genom sticker självhäftande ytan glimmer och snabbt slet det bort. Ytan var synlig mer glänsande efter flera proteinspjälkande processer. På ytan vi lagt till 20 uL av lösning som består av 2 uL av sammansatta DNA origami och 18 uL av bufferten.
Med hjälp av mikroskopet Atomic Force
När underlaget var lastas AFM, kalibrerade vi systemet. AFM användes i Knacka läge under vätskefasen. Vi använde ett stort fönster i ~ 6 um få ett stort fält bild av nanostrukturer. Många många många "Som" blev mer synligt som vi fokuserat maskinen. När vi hade ett grepp på systemet, dök vi djupare in på detaljer att lösa bilder med högre upplösning av enda nanostrukturer.
Bildbehandling
Atomic force bilderna sparades av programvara som Nanoscope AFM datafiler. När det händer, finns det ett open source program Gwyddion som kan läsa och behandla dessa datafiler. En gång i Gwyddion, vi kunde exportera bilderna som png (eller annan bild) filer, samt mäta funktioner på ytan, etc.
Alternativ till att köpa en AFM
Atomic force Mikroskop är dyra att köpa och underhålla, men det finns flera alternativ som är möjliga alternativ: en är att du kontaktar en kontrakt laboratorium kan göra AFM, t.ex. via portalen Assay Depot . Du kan också hitta en lokal universitet med AFM utrustning som skulle vara villiga att hjälpa. Om det finns tillräckligt intresse, kan övertyga din lokala bio hacker utrymme att förvärva en vara lättillgänglig. Och slutligen finns det också en instructable att göra en; även om det inte verkar stödja knacka läge eller flytande fas behövs för att bilden DNA origami strukturer, kan du prova att lägga till dessa funktioner!