Konstruktion, montering och kontroll av en 2D DNA Origami nanostrukturen (6 / 9 steg)
Steg 6: montering
När alla kemikalier och DNA anlände och stökiometri var färdig, var det dags att montera nanostrukturer. Vi använde följande metoder.
Metoder
- Skapa 1 X buffert Tillsätt 20 μl 10 X buffert till 1,5 ml rör
- Återsuspendera staples Lägga till 625 μl vatten till varje stapelvara i 96 ja-skylt
- Pool staples Lägga till 1 μl per stapelvara i 1,5 ml tub.
- Pool byggnadsställning Lägga till 40 µl byggnadsställning i 1,5 ml-rör
- Tillsätt vatten Tillsätt 17 uL vatten 1,5 ml tub.
- Lägg till MgCl Tillsätt 12 µl av MgCl
- Thermocycle Glödga från 95 ° C till 20 ° C i en PCR-maskin på 1 ° C/minut i 0.1 ° C steg
Viktig anteckningen
- Det var viktigt att lägga till MgCl senast på grund av samspelet mellan cationsna och DNA
- Det var viktigt att värma upp i termocykler till 105 ° C för att undvika temperatur gradiants i systemet. Om temperaturen i botten av termocyklern är hög och upp på låg temperatur, systemet kommer att avdunsta på botten och saltar kommer plattan ur lösning, vilket leder till en oönskad vitt kristallint ämne som förekommer på botten av röret
Oprövade alternativa metoder
Medan vi använde en off-the-shelf termocykler, finns det flera andra sätt du kan göra det annealing steget. En skulle vara att montera din egen och använda det, hålla i åtanke uppvärmning anteckningen ovan för att se till att du inte får avdunstning. Eller, det är nog möjligt att bara montera origami genom glödgning DNA i varmt vatten! Blanda DNA och kit kemikalier som beskrivs ovan utan istället för att använda en termocykler för att glödga DNA, koka vatten (100 ° C) och lägga till rören. Kontrollera att de är helt nedsänkt och stänga värmen på spisen. Låt vattnet svalna med rör under vatten. Detta bör efterlikna termocykling processen, men det kommer att vara mindre exakt om den exakta temperatur rampen.