Stagmo (5 / 5 steg)

Steg 5: Steg 5: ImageJ och bild bindningstråd

Detta projekt är starkt beroende av en bild sömmar plugin utvecklats för imageJ av Stephan Preibisch. Denna plugin kan hittas här: http://fly.mpi-cbg.de/~preibisch/software.html#Sti...

Denna plugin förutsätter att bilder är namnet på ett sekventiellt sätt och lagras i samma katalog. Du kan ange relativa placeringen av varje bild genom mönstret de fångades (t.ex. orm vänster till höger), och antalet kolumner och rader. Denna plugin kan ställas in upp till vara batch automatiserad. En grundläggande bild makro att styra detta skript är:

kör ("Grid/samling sy", "typ = [rutnät: orm av rader] ordning = [höger & Down] grid_size_x = *** antal kolumner *** grid_size_y = *** antal rader *** tile_overlap = 35 first_file_index_i = 1 katalog = [*** bild Directory ***] file_names = *** katalog/bild namn *** _ {iiii} .jpg output_textfile_name=TileConfiguration.txt fusion_method = [linjär blandning] regression_threshold = 0,30 max/avg_displacement_threshold = 2,50 absolute_displacement_threshold = 3,50 compute_overlap subpixel_accuracy computation_parameters = [spara minne (men långsammare)] image_output = [Fuse och display]");
körning ("RGB Color");

kör ("Spara", "spara = [*** utdata BILDNAMN och DIRECTORY ***]");

Close();

Close();

Se till att ersätta text med *** med relevant information.

På denna punkt bör du vara redo att gå. Det finns många sätt att förbättra detta system, och om du gör, låt mig veta.