Mappning av mikrober (2 / 3 steg)
Steg 2: Utföra DNA-sekvensering på insamlade exemplar
Generna som ribosomalt RNA (rRNA) undersöks ofta av biologer för att identifiera mikrober. De är gamla, mycket bevarat och gemensamma över arter. Olika mikrober har olika versioner av rRNA gener. Den specifika versionen av en rRNA genen besatt av en organism kan hjälpa forskare (och du!) säga isär en mikrob från en annan.
16s ribosomal RNA genen sekvensering är särskilt praktiskt att skilja en typ av bakterien från en annan. Är det en Cyanobakterien, proteobacteriumeller en firmicute? Beroende på antalet olika bakterier i din ursprungliga provet, sekvensering resultaten kan innehålla hundratals eller tusentals! i unik 16S rRNA sekvenser. Varje DNA-sekvens kommer att vara 200-300 baspar lång och kan användas för att karaktärisera de bakterier som var närvarande på ytan där du samlat in ett exemplar.
Att ha ett gäng av 16S rRNA gene sequence data hjälper dig att identifiera mikrober som fanns på ytan där du samlat in ett exemplar. Men denna analys kräver en del arbete med bioinformatik. Du kan till exempel jämföra sequence data till uppgifterna som finns i offentliga databaser, för att se om andra har präglat alla mikrobiella DNA med likheter till dina data.
Varför inte dela data online och låt andra hjälper dig att karakterisera det? Bortom publiken-sourcing den computational ansträngningen, finns det många spännande möjligheter när människor börjar dela deras data...