Utforska din arvsmassa! (14 / 18 steg)

Steg 14: program

Följande finns gratisprogram som du kan använda för att visa, redigera, manipulera och designa dina projekt. Jag kommer att granska några av dem i följande steg, andra lämnar jag till dig att utforska:

NCBI genomet arbetsbänk:

Detta är en funktion-rika programmet syftar till att utforska, anpassa och montera från genomet gen skala. Det är lite krångligt för första gången-användare men de har utmärkta tutorials och regelbundna uppdateringar eftersom den är sponsrad av NIH.

ABI sekvens Scanner:

Inte mycket om något har ändrats sedan ABI (nu livet Technologies) släppt sin sekvens Scanner programvara, men varför laga vad som inte är trasiga. Detta enkla användarvänliga verktyg tillåter användare att snabbt se deras kromatogrammen (wave-filer som är produkten av Sanger sekvensering reaktioner) och de data som associeras med dem inklusive kvalitetsresultat. Deras produkt bulletin sammanfattar det fint, men du måste registrera dig för att hämta.

BioEdit:

BioEdit kan inte vinna poäng på stil, deras gränssnitt ser ut som det är rätt av VB, men det är rikt på innehåll och tillgängliga verktyg. Kanske en av de bästa gratis program sviterna för genetik, det rivaler även de kommersiella produkterna. Funktionslistan är lång och är förmodligen den mest omfattande av alla program jag har utvärderat.

FastPCR:

FastPCR programmet är ett utmärkt strömlinjeformade program för att utforma primers, sonder och PCR reaktioner. Det har även en funktion för att testa din primers i silico mot din referens sekvenser. Detta program skulle vara bra för DIY biologen att designa hemma SSP tester att upptäcka specifika alleler eller att fastställa primer valet för ett sekvensering projekt. Jag har inte använt det sedan gick till en rättegång licens baserad strategi, men du bör fortfarande kunna få en prov version att prova för en stund.

MEGA:

Jag har inte använt MEGA sedan undergrad, inte för att det är ett undermåligt program i själva verket är stor, men eftersom jag inte längre fylogenetik. Om du är intresserad av evolutionsbiologi och spåra ursprunget till gener, det här är programmet för dig. Från vad jag förstår, har det bara blivit bättre sedan min undergrad fylogenetisk analys om utvecklingen av hare Mitokondrie-DNA.

Chromas Lite:

Lätt en av de mest använda DNA sekvens tittare runt om, om endast på grund av dess enkelhet och användarvänlighet, Chromas Lite ger dig vad du behöver bara Visa DNA kromatogrammen och ingen ludd. Detta är en favorit för enstaka visningar som inte kräver manipulation eller församling, detta bör vara där de flesta DIY forskare börjar sin razzia i genetisk analys.

Primer3 och Primer3Plus:

Primer3 har länge varit fanbärare i fri, öppen primer designverktyg. Det används allmänt i hela forskarvärlden och ingår även i flera programpaket (betalda och gratis). Gränssnittet tillåter finjustering av din primer design parametrar men det är som deltar eller handsfree när du gör det så att både nybörjare och erfarna användare möjligheten att använda sin intereface. För mer information, Läs följande publikationen, Untergasser et al. 2012.

Andra program förutom dessa finns, men jag inte är så bekant med dem. Det är inte att säga att de inte är bra, jag vill bara inte att göra detta "vänners kompatibla en gigantisk recension av programvara. Om du fortfarande nyfiken, kolla in Sequencher, GeneMark, GeneStudio, Softgenetics (trial), GenBeans, UGene, SEQtools (licens-baserade) och mild. Jag lämnar ut programvara mer inriktad på kloning i bakterier, jäst och andra modellsystem men det är också något utmärkt gratisprogram ut för det också (e.g. Seriell Cloner). Personligen, nu jag bara arbeta med en betalt mjukvaran sviten kallas Geneious eftersom vi standardiserad det i min lab år sedan, det är smart och kraftfull men inte prisvärt att DIY genetiker.

Vänligen är Observera att alla logotyper och skärmdumpar egenskaper hos sina respektive organisationer