Utforska din arvsmassa! (17 / 18 steg)

Steg 17: Avancerad DIYBio genetisk analys: sekvens justering och analys

Så du har din PCR-produkten och nu du vill se vad det står?

Som en DIYbiologist kan det vara svårt att hitta en kärna DNA sekvensering anläggning, men det är värt att peta runt din lokala universitetet eller söka på internet för "dna sekvensering tjänster". Det kan vara svårt att hitta en plats som är villig att ta DNA från oberoende personer, särskilt de som renar det genom "homebrew" metoder, så det är där samarbetar med en lokal DIYBio labb är nog bäst. I båda fallen måste du skicka sekvensering anläggningen ditt DNA tillsammans med primers (eller primer sekvenser) du vill dem sekvens med, du kan antingen använda din PCR primers eller designa ytterligare "kapslade" primers inom din PCR- amplikon sekvens med (rekommenderas).

En gång du har möjlighet att hitta en sekvensering anläggning och du får din sekvensering resultat behöver du analysera dem. Jag har ännu att hitta den perfekt gratis sekvens anpassning och redigeringsprogram. För de flesta kan du antingen redigera eller anpassa sekvensering resultat (kromatogrammen), inte båda, och det är en verklig smärta att redigera varje kromatogram separat och sedan justera basecalls (textformat). Det är där de kommersiella produkterna har definitivt överhanden.

Bilderna ovan är HBB kromatogrammen jag genereras och HBB referens sekvensen i BioEdit, som gör det möjligt för många av samma funktioner som de kommersiella produkterna men det bara tillåter parvisa justering. Unipro's UGENE ser också bra, men jag har inte använt den. Alternativt kan du redigera och konvertera alla kromatogrammen till textfiler och justera dem med ett program som Clustal eller valfritt antal program i denna lista.

När du laddar ditt kromatogrammen du vill redigera sekvenserna att se till att det automatiska programmet gjort rätt bas samtal genom att klicka på över till redigerbara sekvensen (andra bilden). När du har alla de sekvenser redigerad kan anpassa dem till deras gratis sekvens och lösa eventuella avvikelser eller kontrollera heterozygot nukleotider. Du kan också förbereda referens sekvensen genom att visa funktioner (tredje och fjärde bilden) så att du kan se polymorfism (variationer, femte bilden) i sekvensen och efter justering, se om ditt prov har någon polymorfism.

För att hämta referens sekvensen hitta (antingen att utforma primers mot det för föregående steg eller justera i det här steget) genen du söker i databasen gen på NCBI. När du klickar på i genen spela in rulla ned till avsnittet "NCBI referens sekvenser (RefSeq)" och välj länken 'GenBank' under 'Genomic' RefSeqGene. Detta tar dig till GenBank sekvens (sjätte bild) där du kan hämta referens sekvensen genom att klicka på den nedrullningsbara menyn nästa för att "Skicka" (sjunde bild).